Lissabonfördraget innebär att överstatligheten i EU:s ministerråd ökar kraftigt genom att vetorätten avskaffas på 63 olika områden.
Områden som enligt förslaget kommer att föras över från enhällighet till majoritetsbeslut är bland andra: social trygghet för arbetstagare, civilrätt och straffrätt, kriminalpolitik, gränskontroll, invandrar-, asyl- och visumfrågor, Europol och EU-åklagaren, strukturfonder och regionalpolitik, kultur, handelspolitik, energi och initiativ från EU:s ”utrikesminister”. Vetorätten begränsas till ett fåtal områden, främst skattepolitik, utrikes och försvarsfrågor, delar av rättspolitiken samt vissa delar av socialpolitiken.

När man på detta sätt går från krav på enhällighet till majoritetsbeslut så godkänner man principen att lagar kan stiftas mot enskilda länders vilja. Det spelar ingen roll om så 100 procent av Sveriges riksdag har en annorlunda uppfattning i en fråga, med majoritetsbeslut kan rådet ändå stifta lagar som omedelbart blir giltiga också i Sverige.
På områden där vetorätten finns kvar har man skapat en ”pasarell” som innebär att EU:s stats- och regeringschefer på egen hand (om alla är överens) kan besluta att ta bort kravet på vetorätt utan att formellt ändra fördraget, vilket hade inneburit beslut i alla nationella parlament.
Fortfarande kan dock ett nationellt parlament stoppa att pasarellen används om det invänder inom sex månader. När konstitutionen inte behöver ändras i framtiden för att göra EU mer överstatligt kan regeringarna undvika folkomröstningar och att frågan blockeras när den ska behandlas i de nationella parlamenten. I den svenska riksdagen krävs en kvalificerad majoritet, 75 procent av ledamöterna, för att överlåta mer makt åt EU.
Lissabonfördraget innebär dessutom att de små medlemsstaternas inflytande i det lagstiftande ministerrådet reduceras drastiskt. Ministerrådet fattar beslut på olika sätt i olika frågor.
I vissa frågor ska beslut fattas med enhällighet, vilket innebär att alla medlemsländer måste vara överens. Varje land har då en röst.
I andra frågor gäller så kallad kvalificerad majoritet. I fördragen framgår av varje artikel vilka beslut som kräver enhällighet och vilka beslut som kan fattas med kvalificerad majoritet. När fördragen i undantagsfall inte anger någon beslutsform kan rådet fatta beslut med en majoritet av medlemsländerna.
När röstning med kvalificerad majoritet tillämpas används ett system med röstviktning som till viss del tar hänsyn till medlemsstaternas olika folkmängd. Det finns enorma skillnader i folkmängd mellan medlemsstaterna – Tysklands befolkning är till exempel drygt 206 gånger större än Maltas, Holland har 21 gånger fler invånare än Cypern och Spanien mer än fyra gånger så många invånare som Portugal.

När rådet fattar beslut med kvalificerad majoritet finns det idag 345 röster som är fördelade mellan länderna efter deras befolkningsstorlek, men långt ifrån proportionellt. De stora länderna såsom Tyskland har 29 röster, medan de minsta länderna Luxemburg och Malta har fyra respektive tre röster. Gräns för kvalificerad majoritet är 255 röster (knappt 74 procent). Dessutom kan ett medlemsland begära kontroll att denna kvalificerade majoritet räknat i röster också motsvarar minst 62 procent av unionens befolkning.
Med Lissabonfördraget ändras reglerna för majoritetsbeslut så att det för kvalificerad majoritet krävs 55 procent av medlemsländerna och 65 procent av befolkningen (så kallad dubbel majoritet).
Denna förändring fördröjs delvis när det nya omröstningssystemet med dubbla majoriteter får vänta på att genomföras till år 2014-2017 efter polskt motstånd.
Genom att ländernas befolkningsstorlek blir avgörande stärks de stora medlemsländernas makt. Det underlättar för dem att få igenom egna beslut och stoppa sådana man inte önskar.

Tyskland, som enligt Nicefördraget har 8,4 procent av rösterna i ministerrådet, fördubblar sin röststyrka till 17 procent. Sverige, som enligt Nicefördraget har 2,9 procent av rösterna, minskar sin röststyrka till 1,9 procent. Tysklands röststyrka blir 9,17 gånger så stor Sveriges (att jämföra med 2,9 gånger enligt Nicefördraget).
De stora medlemsstaterna får också lättare att blockera beslut som de inte gillar, eftersom deras befolkningsstorlek blir en fördel. Det räcker med 36 procent av befolkningsmakten för att blockera ett beslut och därmed diktera EU-lagstiftningen. Den blockerande minoriteten måste dock bestå av minst fyra länder.

De fyra största länderna, Tyskland, Frankrike, Italien och Storbritannien, förfogar tillsammans över 53 procent av folkmängden. Tyskland tillsammans med två av de övriga tre stora länderna samt ytterligare ett land oavsett storlek (till exempel Luxemburg), kan stoppa ett beslut som 23 länder är för.