Inför justitieministermötet i fredags hade Frankrike och Portugal uttryckt reservationer, men anslöt sig till majoriteten.
Avtalet skrivs formellt under den 25 juni och ska sedan ratificeras av de nationella parlamenten. Det är mest en formsak; ingen kommer att kunna ändra ett kommatecken.
I en mycket kritisk rapport från Amnesty International utfärdas många varningar, exempelvis att det saknas tydliga hänvisningar till mänskliga rättigheter.
– Vad gäller rätten till rättvis prövning är avtalet tvetydigt, vilket torde vara ett svara på USA:s motstånd mot explicita referenser till internationella människorättskonventioner. De föreslagna militärdomstolarna, som ges rätten att utdöma dödsstraff, bidrar ytterligare till denna oro, säger Dick Oosting, chef för Amnestys EU-kontor, i ett pressmeddelande.
Enligt tidigare utfästelser från bland annat den svenske justitieministern ges fullgoda garantier för att ingen kommer att utlämnas till USA vid risk för dödsstraff. Men enligt Amnesty, och enligt en rapport från EU-parlamentet, är dessa mycket otillräckliga.
EU-parlamentet, som formellt inte tillfrågats av ministerrådet, tillsatte en egen utredning i januari.
I förra veckan röstade parlamentet, med 243 mot 174, ned ett förslag om att rekommendera ministerrådet att inte överhuvudtaget anta avtalet. Parlamentet anser att avtalet stärker den fortsatta politiska integrationen av unionen.
De legala frågorna är dock ett stort problem, menar parlamentet, som med 356 mot 63 röster antog en resolution som i stora stycken ansluter till Amnestys kritik.
Parlamentet skriver att det är ”paradoxalt” att utökat samarbete diskuteras samtidigt som EU-medborgare sitter på Guántanamobasen utan några som helst garantier för en rättvis behandling. En lösning på detta bör vara ett grundläggande villkor, skriver parlamentet som också kräver långtgående ändringar på ett antal punkter.
Däribland att få ett skydd mot hur personuppgifter används, och att amerikansk lagstiftning såsom Patriot Act och Terrorist Information Awareness inte får bli grund för samarbete.
Dessutom påpekar EU-parlamentet att det sätt på vilket ministerrådet formellt skött frågan är ett ”flagrant brott mot de demokratiska principer på vilka Unionen gör anspråk på att vara grundad”.