Utrikesminister Össur Skarphédinsson från socialdemokratiska partiet, som tillhör den rödgröna regeringen, betecknade beslutet som historiskt, enligt isländska medier.
Även de två största oppositionspartierna, Självständighetspartiet och Framstegspartiet, är positiva till EU-medlemskap, men har fler förbehåll och har starkare förespråkat att Island ska ställa krav i förhandlingarna med EU.
Össur Skarphédinsson tog inför Alltinget upp argument både för och emot medlemskap och sa att han är säker på att Island kan komma överens med EU om lösningar av de frågor som är viktigast för Island, såsom fisket.
Finansminister Steingrímur J. Sigfússon, ordförande för partiet De vänstergröna, sa sig dock vara tveksam till om särlösningar för Island skulle kunna uppnås och pekade på erfarenheter från Norge, rapporterar Iceland Review. Sigfússon sa också att han trodde att islänningarna skulle säga nej till EU om en folkomröstning hölls.
De Vänstergröna på Island har länge varit ett EU-skeptiskt parti.
Fram till att finanskrisen drabbade Island hårt i höstas, har endast ett fåtal partier förespråkat EU-medlemskap och inte heller bland befolkningen har EU varit populärt. Men opinionen har börjat svänga sedan krisen bröt ut och nu är de EU-positiva partierna i majoritet i Alltinget.
Nordiska ministerrådet ska diskutera bland annat Islands EU-ansökan under sitt informella sommarmöte, som hålls på Island den 14-15 juni. Island är ordförandeland i ministerrådet under 2009 och statsminister Jóhanna Sigurðardóttir ska vara mötesvärd.